Στις 25 Φεβρουαρίου 1992, διεξήχθη η Πρώτη Συνδιάσκεψη της Ομόνοιας, η οποία αποτέλεσε σταθμό για μια νέα πορεία της οργάνωσης. Στην Συνδιάσκεψη εγκρίθηκε το Πρόγραμμα και το Καταστατικό και καθορίστηκαν οι στόχοι για το μέλλον.
Η Ομόνοια μετά την Πρώτη Συνδιάσκεψη παρουσίασε τεράστια άνοδο. Έγινε ο κύριος εκφραστής των Ελλήνων της Αλβανίας. Τα αποτελέσματα των κοινοβουλευτικών εκλογών της 22ης Μαρτίου της ίδιας χρονιάς μίλησαν για την πολιτική ενότητα και την εθνική ομοψυχία των Ελλήνων Βορειοηπειρωτών.
Μετά την κατάρρευση του κομμουνισμού και το μερικό άνοιγμα εκδημοκρατισμού και